A equipe chegou a participar do Campeonato Paulista de Futebol de 2009, porém sem vencer nenhum jogo da competição.
Na última ♣ rodada, o Bahia acabou eliminado pelo Fluminense.
O técnico Dunga, sem deixar de jogar, foi demitido da equipe do time do ♣ interior e substituído por Antônio Lopes.
No dia 12 de maio, o Bahia anunciou a volta do atacante Marquinhos para a ♣ Seleção Brasileira, porém acabou sendo rebaixado para a Série C de 2010.Em
julho, o Bahia voltou a se inscrever para a ♣ Série B do Campeonato Brasileiro de 2010.
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